南京中医药大学制药工程专业是以中药制剂技术为主要学科，涉及到化工、生物工程、药物分析等多个学科。其主要课程如下：

中药制剂

这门课程是制药工程专业的核心课程之一。主要介绍中药制剂的分类、炮制、提取、分离、纯化以及药物制剂工艺等方面的知识。本课程的教学目标是使学生掌握中药制剂材料的选择、炮制技术、提取工艺、分离纯化和生产工艺等关键技术和方法。

药物化学与分析

药物化学与分析是制药工程专业的另一门核心课程。本课程主要涵盖现代有机合成方法、药物合成反应的机理、合成晶体学、药物分析方法及其实验技术等内容。通过学习本课程，学生将具备设计新药、研究新药基本特性、分析检测药物品质的能力。

生物制药

生物制药是以生物技术为基础，利用细胞、组织和基因重组技术生产药品的学科。本课程主要学习生物制药的工艺流程、基因工程药物的生产和检测方法、分子诊断技术和免疫诊断技术等。本课程的目的是让学生深入了解生物技术的应用领域，为生物制药领域的科学研究和生产提供人才支撑。

化学反应工程

化学反应工程是制药工程课程的重要组成部分。本课程主要探讨化学反应的基本原理，包括反应动力学、化学平衡、能量平衡、流程安排等。通过学习，学生能够熟悉各种反应器的基本构造和运行原理，掌握化工过程的规划与设计，并能够利用计算机模拟工具分析化学反应过程。

总之，南京中医药大学制药工程专业的主要课程涵盖中药制剂、药物化学与分析、生物制药和化学反应工程等方面。这些课程将为学生提供广阔的知识领域和职业发展机遇。